Črevesna sluznica je najgloblja plast organa in se tako sooča neposredno s črevesnim lumnom, v tesnem stiku s produkti prebave.
Pod sluznico, ki poteka navzven, se srečajo preostale tunike: submukoza, mišičnjak in seroza.
Črevesna sluznica je sestavljena iz treh različnih delov: enojne plasti epitelijskih celic, vezivnega tkiva, ki drži epitelij (lamina propria) na mestu in majhne plasti gladkih mišic, imenovane muscularis mucosae, ki ga ločuje od spodnje tunike.
V tankem črevesju je črevesna sluznica žametna, kar je posledica razširjene prisotnosti majhnih prstnih grebenov, imenovanih črevesne resice.
Tako kot rastline absorbirajo hranila v tla s svojimi koreninami, črevesne resice absorbirajo snovi, ki so bistvene za rast in preživetje celic.
Namen črevesnih resic (glej sliko) je povečati vpojno površino, dodatno razširjeno z dvigom sluznice v makroskopskih gubah in s potopitvijo epitelijske plasti:
številne gube črevesne sluznice dvanajstnika in jejunuma imenujemo gube, polmesečne gube ali spremenljive zaklopke, cevaste vdolbine epitelija, ki segajo globoko v podporno vezivno tkivo, pa imenujemo kripte.
Ocenjuje se, da črevesno sluznico pokriva približno 40 milijonov resic, približno 18-40 na kvadratni milimeter. Vsak res je sestavljen iz vezne osi, prekrite z eno plastjo vpojnih celic, katerih membrana - obrnjena proti lumnu - ima tanke citoplazemske izbokline, kot je prst rokavice. Ti drobni reliefi, vidni le pod elektronskim mikroskopom, se imenujejo mikrovili in skupaj tvorijo obrobo čopiča.
Posebna sestava vpojnih celic, znanih tudi kot enterociti, ima namen povečati prebavne in absorpcijske sposobnosti organizma.
Med številčno najštevilčnejšimi enterociti izstopajo nekatere čašaste celice, ki izločajo sluz v črevesni lumen. Ta viskozna in mazalna snov je odgovorna za zaščito črevesne sluznice pred žalitvami kislin in prebavnih produktov ter prebavnih encimov, ki bi jo lahko napadli.
V brazdah, razporejenih med resicami, najdemo dodatno komponento, ki jo predstavljajo Galeazzijeve žleze ali Lieberkuhnove kripte, razpršene po tankem črevesju in prisotne tudi v debelem črevesju. Kripte so sestavljene iz celic, ki dozorijo v enterocite (vpojne celice), iz drugih, ki predelajo sluz, iz seroznih celic, ki sintetizirajo encimske beljakovine, iz Panethovih celic, ki proizvajajo lizocim in druge protimikrobne encime, in iz celic, povezanih s srebrom v želodcu -endokrini sistem, črevesni, ki proizvajajo endokrine in parakrine hormone za olajšanje prebave in absorpcije.
Črevesna sluznica "