Patogeneza raziskuje razvoj bolezni in z njo povezano verigo dogodkov, ki korak za korakom določajo morfo-funkcionalne spremembe celic in tkiv prizadetih organov. Te spremembe lahko povzročijo kemični, fizikalni ali biološki dejavniki (virusi, bakterije itd.).
Medtem ko etiologija opredeljuje vzroke, patogeneza proučuje posledice.
Pri branju medicinskih besedil lahko zato naletimo na izraze, kot so: mikrobna patogeneza, vnetna patogeneza, virusna patogeneza, maligna patogeneza (nagnjenost bolezni, običajno tumorja, da se postopoma poslabša, dokler ne postane smrtonosna). Mnoge bolezni prepoznajo različne vzročne dejavnike (večfaktorska etiologija), še bolj številne pa so tiste, za katere so značilni različni evolucijski mehanizmi (večkratna patogeneza).
