Normalna funkcija kalprotektina je torej preprečevanje razvoja bakterij in gliv v telesu (protimikrobno delovanje).
V prisotnosti "vnetja v prebavnem traktu se bele krvničke selijo vanj in sproščajo beljakovine, katerih koncentracija v blatu se ustrezno poveča.
Zaradi tega se lahko kalprotektin uporablja kot indikator vnetja v primeru kroničnih črevesnih bolezni, nekaterih okužb bakterijskega izvora ali raka prebavnega sistema.
Odmerek kalprotektina v blatu je edini test, ki lahko zagotovi informacije o lokaciji vnetja. Določitev parametra v plazmi pa poudarja vnetno stanje, ki ga je mogoče lokalizirati kjer koli. Poleg tega je pri bolnikih s kroničnimi vnetnimi črevesnimi boleznimi (kot sta ulcerozni kolitis in Crohnova bolezen) odmerek fekalnega kalprotektina veljaven pokazatelj stopnje vnetja.
; prisoten v vseh delih človeškega telesa, je koncentriran predvsem v citoplazmi nevtrofilnih granulocitov.V nižjih koncentracijah je kalprotektin prisoten tudi v monocitih in v makrofagih, ki iz njih izhajajo; te celice, podobno kot nevtrofilci, so bele krvne celice, ki so namenjene fagocitiranju - torej zajemanju, prebavi in uničenju - tujih delcev, ki so prodrli v organizem, vključno z mikroorganizmi (proti katerim so nevtrofilci bolj aktivni).
Tako nevtrofilci kot makrofagi lahko izločajo kemične posrednike vnetnega odziva.
Znotraj teh imunskih celic ima kalprotektin visoko bakteriostatično in mikostatično aktivnost; kot tak učinkovito preprečuje rast gliv in bakterij.
